【完成】求教：如何将一个文件的数据全部放到另一个文件指定位置

irene

大家好，现有两个文件
a1.file内容如下：

1. @<TRIPOS>MOLECULE
   
2. B29_t1
   
3. 42 44 0 0 0
   
4. SMALL
   
5. GAST_HUCK
   
6. 
   
7. @<TRIPOS>ATOM
   
8.       1 N1         -2.5973    0.0125    0.0420 N.am    1  <1>         0.0000
   
9.       2 O1         -3.5374    1.0156    1.9351 O.2     1  <1>         0.0000
   
10.       3 O2         -2.2592   -1.4277   -1.7714 O.2     1  <1>         0.0000
    
11.       4 C1          1.1189    2.0075    0.0131 C.ar    1  <1>         0.0000
    
12.       5 C2          1.0694    0.6283    0.2742 C.ar    1  <1>         0.0000
    
13.       6 C3         -0.1779    0.0020    0.2786 C.ar    1  <1>         0.0000
    
14.       7 H1         -0.2337   -1.0620    0.4801 H       1  <1>         0.0000
    
15.       8 C4         -1.3566    0.6994    0.0155 C.ar    1  <1>         0.0000
    
16.       9 C5         -1.2742    2.0637   -0.2972 C.ar    1  <1>         0.0000
    
17.      10 C6         -0.0433    2.7147   -0.2877 C.ar    1  <1>         0.0000
    
18.      11 H2          0.0100    3.7739   -0.5053 H       1  <1>         0.0000
    
19.      12 C7         -3.6093    0.2349    1.0134 C.2     1  <1>         0.0000
    
20.      13 C8         -4.7130   -0.6979    0.6501 C.ar    1  <1>         0.0000
    
21.      14 C9         -4.3260   -1.4370   -0.4687 C.ar    1  <1>         0.0000
    
22.      15 C10        -2.9568   -1.0109   -0.8739 C.2     1  <1>         0.0000
    
23.      16 C11        -5.1577   -2.3965   -1.0285 C.ar    1  <1>         0.0000
    
24.      17 C12        -6.4066   -2.5953   -0.4273 C.ar    1  <1>         0.0000
    
25.      18 C13        -6.7946   -1.8544    0.6968 C.ar    1  <1>         0.0000
    
26.      19 C14        -5.9467   -0.8901    1.2555 C.ar    1  <1>         0.0000
    
27. @<TRIPOS>BOND
    
28.      1     1     8    1
    
29.      2     1    12    1
    
30.      3     1    15    1
    
31.      4     2    12    2
    
32.      5     3    15    2
    
33.      6     4     5   ar
    
34.      7     4    10   ar
    
35.      8     4    25    1
    
36.      9     5     6   ar
    
37.     10     5    26    1
    
38.     11     6     7    1
    
39.     12     6     8   ar
    
40.     13     8     9   ar
    
41.     14     9    10   ar
    
42.     15     9    24    1
    
43.     16    10    11    1
    
44.     17    12    13    1
    
45.     18    13    14   ar
    
46.     19    13    19   ar
    
47. 
    

复制代码

a2.file 文件内容如下：

1.   -0.309305
   
2.   -0.432702
   
3.   -0.434797
   
4.   -0.249059
   
5.    0.618289
   
6.   -0.529368
   
7.    0.222346
   
8.    0.422481
   
9.   -0.220411
   
10.    0.124004
    
11.    0.103999
    
12.    0.473956
    
13.   -0.008814
    
14.   -0.145117
    
15.    0.533233
    
16.   -0.035198
    
17.   -0.130710
    
18.   -0.084157
    
19.   -0.104420
    

复制代码

要求：
把a2.file中的内容按行对应的形式放到a1.file文件的 0.0000处，即a2.file中每一行对应a1.file中每一行的0.0000，同时删除0.0000。
注： 文件a1.file中0.0000那一列数据原排列整齐，在论坛上显示时上下的对应位置错开了，请按排列整齐的方式。而且<1>  和0.0000之间是有空格的。

请高手帮帮忙，个人能力实在有限，惭愧 :thank

yongjian

1. cat a1.file | sed -n '/^[0-9] /s/0\.0\+//gp' | paste - a2.file

复制代码

try this. It only print out the matching lines, after this, you will need to paste it back to the file. A solution but not the ideal one.

kayue

你可以手工把a1.file中要进行替换的行分离到另一个文件中吗？
比如保存为a3.file如下:
1 N1 -2.5973 0.0125 0.0420 N.am 1 <1> 0.0000
2 O1 -3.5374 1.0156 1.9351 O.2 1 <1> 0.0000
3 O2 -2.2592 -1.4277 -1.7714 O.2 1 <1> 0.0000
4 C1 1.1189 2.0075 0.0131 C.ar 1 <1> 0.0000
5 C2 1.0694 0.6283 0.2742 C.ar 1 <1> 0.0000
6 C3 -0.1779 0.0020 0.2786 C.ar 1 <1> 0.0000
7 H1 -0.2337 -1.0620 0.4801 H 1 <1> 0.0000
8 C4 -1.3566 0.6994 0.0155 C.ar 1 <1> 0.0000
9 C5 -1.2742 2.0637 -0.2972 C.ar 1 <1> 0.0000

那么这样就可以了：

1. 
   
2. #awk '{getline $9<"a2.file"; print}' a3.file
   

复制代码

功能就是把a3.file中的第9列替换为a2.file中的内容...

irene

Post by yongjian

1. cat a1.file | sed -n '/^[0-9] /s/0\.0\+//gp' | paste - a2.file

复制代码

try this. It only print out the matching lines, after this, you will need to paste it back to the file. A solution but not the ideal one.

To yongjian：
  先谢谢你的回复。你给的语句我的理解是：把文件a1.file中关于0.0000的所有行用空格代替，然后把文件a2.file粘贴到此处。
  问题1：当我运行此语句时，仅cat a2.file起作用，a2.file的内容显示在当前屏幕。
  问题2：paste命令能够将a2.file粘贴到前面删除的那些数据的位置上吗？起这个作用的命令我未查到。

irene

Post by kayue
你可以手工把a1.file中要进行替换的行分离到另一个文件中吗？
比如保存为a3.file如下:
1 N1 -2.5973 0.0125 0.0420 N.am 1 <1> 0.0000
2 O1 -3.5374 1.0156 1.9351 O.2 1 <1> 0.0000
3 O2 -2.2592 -1.4277 -1.7714 O.2 1 <1> 0.0000
4 C1 1.1189 2.0075 0.0131 C.ar 1 <1> 0.0000
5 C2 1.0694 0.6283 0.2742 C.ar 1 <1> 0.0000
6 C3 -0.1779 0.0020 0.2786 C.ar 1 <1> 0.0000
7 H1 -0.2337 -1.0620 0.4801 H 1 <1> 0.0000
8 C4 -1.3566 0.6994 0.0155 C.ar 1 <1> 0.0000
9 C5 -1.2742 2.0637 -0.2972 C.ar 1 <1> 0.0000

那么这样就可以了：

1. 
   
2. #awk '{getline $9<"a2.file"; print}' a3.file
   

复制代码

功能就是把a3.file中的第9列替换为a2.file中的内容...

To kayue：
  先谢谢：） 你给的语句是将从a1.file中提取与a2.file对应的行，然后再合并。用此语句操作那些数据行完全没有问题。 但是，我需要的最后文件不仅仅是这些数据，而且还要包括a1.file中前面7行的内容，中间的数据行（你已提出方法修改），和数据后面的很多行（我在此没有列出）。因为这是文件格式的需要，数据行前后的内容不能去掉。所以请你再看看能否解决此问题？

linux_now

数据是一一对应的吧，直接用sed可不可以？

kayue

按你要求修改了一-下，该方法可以直接指定a1.file文件中要替换的行的范围,
比如下面指定替换8--16行的内容

2. #awk '{if (NR>7&&NR<17){getline $9<"a2.file";print} else print}' a1.file

复制代码

irene

Post by kayue
按你要求修改了一-下，该方法可以直接指定a1.file文件中要替换的行的范围,
比如下面指定替换8--16行的内容

1. 
   
2. #awk '{if (NR>7&&NR<17){getline $9<"a2.file";print} else print}' a1.file
   

复制代码

谢谢kayue！离成功又近了一步：）
采用你给的语句执行单个文件时可以，但我需要转换一系列的文件，在每个a1.file中均是从第8行开始进行数据行的编辑，然而需编辑的中间数据行的结束行数却不同，于是我通过变量来指定每个a2.file文件的行数。此变量行数如何运用到你给的语句中呢？

比如下面脚本的一部分： a2.file指 B$dir.charge； 行数变量为 tmp$dir； a1.file为tmp2.B$dir.mol2

1. 
   
2. set number=(`cat B$dir.charge|wc -l`)
   
3. echo $number+8| bc > tmp$dir
   
4. awk '{if (NR>7&&NR<tmp$dir){getline $9<"B$dir.charge";print} else print}' tmp2.B$dir.mol2 >B$dir.mol2
   

复制代码

本以为通过你们的示范可以试着完成此脚本，但awk的用法我还很陌生，只好又拜托帮忙了

irene

看了一些说明，试着改了一下，还是不行，如下：

1. set number=(`cat charge_B$dir|wc -l`)
   
2. echo $number+8| bc > tmp_$dir
   
3. awk  '{if (NR>7&&NR<'tmp_$dir'){getline $9<"'charge_B$dir'";print} else print}' "tmp2_B$dir" >tmp3_B$dir
   

复制代码

怎么解决呢？

kayue

可以考虑下面这两个方法：
1 如你所说，只是在awk内部引用外部变量要加单引号，我稍作修改，你看可以不？
你应该要注意下变量的表示，比如B$dir.charge，谁知道dir是变量，还是dir.charge
是变量??亦或是dir.c??应该用大括号括起来，这样可读性好，也不容易出错。

1. 
   
2. number=`cat B${dir}.charge|wc -l`
   
3. number=`expr $number + 8 `
   
4. awk '{if (NR>7&&NR<'$number'){getline $9<"'B${dir}.charge'";print} else print}' tmp2.B${dir}.mol2 >B${dir}.mol2
   
5. 
   

复制代码

2 可以不在awk中指定要替换的范围的上界(最大值)，如下：

1. 
   
2. #awk '{if (NR>7){getline $9<"a2.file";print} else print}' a1.file
   

复制代码

它会自动根据a2.file文件中行数进行替换，如果a2.file所有行都已经在a1.flle中替换，
那么后面的部分就不会再继续进行了，你只要保存每个a1.file中要替换的行数和对应的
a2.file的行数相同就可以了。


另外，注意，使用脚本批量进行处理时最好先备份下原来数据，除非你确认脚本完全没错，
否则数据一般较难恢复回来。